认证标准将从毕业生应达到的基本要求和医学本科教育办学标准两方面来考核，一般情况下包括学校自评、现场考察、提出认证建议和发布认证结论等步骤。
认证程序：向认证组织申请，学校自评，专家组进校考察，形成论证报告，认证回访。过程与评估大体相同但认证考查的内容广泛、深度和广度比评估的深、广，而且按标准逐条认证，讲实。
①申请认证
申请认证通常包括申请条件和申请审核两个方面。申请条件要求申请单位必须是经教育部批准或备案、已有三届毕业生、学制不低于五年、以本科教育为培养目标的专业所在的高等院校。申请认证的院校还要向医学专业认证工作专家委员会秘书处递交申请报告和申请表，申请报告按照《医学专业认证学校准备工作指南》要求撰写。要求填报学校和专业概况、专业特色、基本办学条件等内容。申请审核是指认证专家委员会收到学校申请报告和申请表后，将对学校的申请进行审核，重点审查申请学校是否具备申请认证的基本条件，必要时，专业认证专家委员会可要求申请学校对某些问题做出答复，或进一步提供证明材料。
根据审核情况，专业认证专家委员会可做出以下两种结论，并做相应处理：一是受理申请，通知申请学校进入自评阶段；二是不受理申请，向申请学校说明理由，认证工作到此停止，学校须在达到申请认证的基本条件后重新申请认证。
②院校自评
自评是申请认证学校专业所在院系对自身办学状况、办学质量的自我检查与评估，包括办学条件、培养目标等是否达到《中国本科医学教育标准》所规定的要求。自评工作由学校有计划地组织进行。贯彻“以评促建、以评促改、以评促管、评建结合、重在建设”的精神，自始至终体现真实性、客观性、综合性，所在院（系）应组织教师、学生和相关工作人员共同参与该项工作。
撰写自评报告是自评阶段的重要工作，自评报告是学校向专家委员会递交的文件，要对专业教育标准的各项内容进行自我评价、说明并附以证明材料，以供审核。自评报告包括四个部分：一是前言，要求描述学校的办学指导思想、学校定位、专业介绍、在人才培养方面的总体思路等，其中专业介绍包括历史及现状、专业目标、本专业在学校及国内同类院校中的地位、作用、特色等；二是专业建设与水平，要求依据《中国本科中医学教育标准》各项指标逐条描述，并围绕主要内容提供翔实的证明材料；三是目前存在的问题与今后的努力方向，要求重点描述本专业存在的不足与问题，需要进一步努力和改进的思路与具体措施等；四是以近五年为主的附件，包括教学文件（教学计划、教学大纲、课时安排），本专业教师名单、履历、职称、担任课程等情况，教育部对学校整体办学、教学工作的评价或评估结论及其他应提供的证明材料。
③审阅《自评报告》
收到受理通知的院校应在专家现场前1个月将自评报告交到医学专业认证专家委员会秘书处，认证专家委员会对申请学校的自评报告进行审阅，重点审查申请认证的专业是否达到《中国本科医学教育标准》的要求。应对自评报告作出整体评价。认证专家委员会审阅自评报告后，可产生下面三种结论：①通过自评报告。并于两个月以内组织、派遣考察小组进行实地视察。②基本通过自评报告。对自评报告中少量不明确或欠缺的部分要求申请学校在15天内进一步提供说明、证据或材料，根据补充后的情况再决定是否派遣视察小组。③不通过自评报告。自评报告的内容不能达到《中国本科医学教育标准》的要求，而学校又不能提供新的证据加以说明。自评报告未通过，至此认证工作停止，两年内不再接受申请。
④临床医学专业认证的现场考察基本程序：
申请认证学校应为专业认证考查专家组准备一间专用工作（会议）室，室内应陈列考查所要求的有关教学和教学管理等资料，如学生的作业、设计、试卷、报告、论文等；展示一系列反映学生真实情况，包括不同层次学生的文字材料和实物。入校考查应在学校正常教学期间进行，申请认证学校应安排有专人负责配合专业认证考查专家组的工作。
自我评估报告 (书面和口头汇报)
校领导做总体汇报
访问各教研室和医院
与教师会面
与学生会面
与管理人员会面
与学校领导和高层次管理人员会面
会议：把初步发现问题向学校做口头反馈
向学校提供改进和建议的报告
打印报告终稿 (英文和中文) 并发送给:HMU, AMUCC, WFME, AMEWPR
进行随访 (认证第二年)
认证结论通常分为完全认可、有条件认可和不予认可等三种结论，并标明有效期限及各项指标评价结果。医学专业认证专家委员会应将认证结论及时通知申请认证学校，并呈报教育部备案。凡通过医学专业认证的学校，可获得医学专业认证专家委员会颁发的医学专业认证合格证书。医学专业认证委员会应在有关新闻媒介上公布认证结果。