湖州师范学院医学院临床医学有着悠久的办学历史，近10年来进入快速发展阶段。于2004年开始招收临床医学专科学生，并于2006年以良好的成绩通过浙江省对临床医学专业的评估。2010年开始招生培养临床医学本科生，2012年起学校成为国家第一批卓越医生教育培养计划项目试点高校。在积极的教育教学改革中，改革了现有临床医学人才培养模式，建立和完善了“校地共育”人才培养新模式。临床医学专业作为我校特色专业之一，近几年整体招生情况良好，平均录取成绩一直位于学校各专业前茅，就业率和就业质量连续多年在省内高校中处于前列，毕业生考入事业编制比例达到80%，为我省输送了一大批优秀人才。2014年我校临床医学专业列入省内本科第一批次招生。
目前临床医学系现有（含附属医院）教授20人，副教授26人,博士学历教师18人（含在读博士2人），专业教学科研教师学历、结构、职称结构较为合理、学术力量较强。设内科、外科、妇产科、儿科、中医与预防等12个教研室。现有1个临床医学技能实验中心，包括诊断学基础实验室、外科学总论实验室、OSCE中心等实验室,，实验室教学仪器设备总值五百余万元。
现有临床教学实习基地众多。其中附属医院3所（三级甲类综合性医院1所，三级乙类综合性医院1所，三级甲类妇幼保健院1所）。校外实习基地22所（均为县级及以上实习医院（基地），其中三级甲类医院4所）。为满足定向农村社区临床医学专业实践教学的需要，开辟了25个社区卫生实践教学基地，建立了以县区级医院、疾病控制中心为主体和社区卫生服务教学基地的临床实践教学网络体系。